剧情叙述主角们打倒赛菲罗斯（Sephiroth），拯救星球免于巨大陨石的侵袭后两年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陆续传出病例。而主角克劳德（Cloud）在与爱莉斯（Aerith）死别后，便郁郁寡欢。某日突然出现了与赛菲罗斯有未知关联的神秘3人组，除了直接对克劳德造成威胁之外，还进行着一连串秘密的计划，将已回归各自生活的主角群们，再次的卷入风波中……